Nattokinase sollte idealerweise auf nüchternen Magen mit ausreichend Wasser eingenommen werden. Wichtig ist, die Einnahme mindestens 2 Wochen vor einer geplanten Operation zu beenden. Zudem ist die Kombination mit blutverdünnenden Medikamenten nicht geeignet. Bei Unsicherheiten oder bestehenden Vorerkrankungen sollte die Einnahme immer ärztlich abgeklärt werden.